怀孕40天B超检查发现宫内暗区，可能是以下原因导致的。
1.宫内孕：宫内暗区可能是孕囊，但由于怀孕时间较短，孕囊较小，还无法看到胎芽和胎心。建议在一周后复查B超，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床，常见的部位是输卵管。如果B超检查发现宫内暗区，同时伴有腹痛、阴道出血等症状，需要高度怀疑宫外孕的可能。需要及时就医，进行进一步的检查和治疗。
3.生化妊娠：生化妊娠是指受精卵着床失败，导致胚胎停止发育。B超检查可能会发现宫内暗区，但无法看到胎芽和胎心。生化妊娠通常会自然流产，不需要进行特殊的治疗。
4.其他：子宫内膜息肉、子宫肌瘤等也可能导致宫内暗区的出现。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合临床症状、其他检查结果等综合判断。如果对B超检查结果有疑问，建议及时咨询医生，以便采取相应的措施。同时，在怀孕期间，应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心情，定期进行产前检查，以确保胎儿的健康发育。