小孩长不高的主要原因有多种。一般来说，遗传因素是重要原因之一，如果父母身高较矮，小孩遗传到相关基因，身高可能相对受限。另外，营养因素也很关键，比如孩子饮食中缺乏蛋白质、钙、维生素D等营养素，就会影响骨骼生长。像蛋白质是身体生长的重要物质基础，钙是骨骼的主要构成成分，维生素D能促进钙的吸收，如果孩子长期挑食、偏食，就容易出现营养摄入不足的情况。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果父母双方或者一方身高偏矮，那么小孩遗传矮小的概率会相对较高。研究发现，遗传因素对身高的影响大约占60% - 70%。种族遗传差异： 不同种族之间也存在身高差异，这也是由遗传因素决定的，比如一些欧美国家的小孩平均身高可能相对高于亚洲国家的小孩，这与种族的遗传背景有关。
营养摄入问题
蛋白质摄入不足： 蛋白质是身体细胞、组织的重要组成部分，对于小孩的生长发育至关重要。如果小孩每天摄入的肉类、豆类等富含蛋白质的食物过少，就会影响生长激素的分泌以及骨骼等组织的构建。例如，一个正常发育的小孩每天需要摄入一定量的蛋白质来满足身体需求，若长期低于这个量，就可能阻碍长高。钙元素缺乏： 钙是骨骼生长的关键元素，小孩骨骼的生长需要充足的钙。像牛奶、虾皮等食物富含钙，如果小孩日常饮食中牛奶摄入不足，或者不喜欢吃虾皮等含钙食物，就容易出现钙缺乏。一般来说，小孩每天需要摄入足够的钙来保证骨骼正常生长，钙缺乏会导致骨骼发育不良，影响身高增长。
疾病因素干扰
内分泌疾病： 常见的有生长激素缺乏症。如果小孩体内生长激素分泌不足，就会严重影响身高增长。生长激素能促进骨骼、肌肉等组织的生长发育，缺乏生长激素会使小孩身高明显低于同龄人。另外，甲状腺功能减退症也会影响小孩身高，甲状腺激素能促进新陈代谢和生长发育，甲状腺功能减退时，小孩的生长发育会受到抑制，导致身高增长缓慢。慢性疾病影响： 例如先天性心脏病、慢性肾病等。患有先天性心脏病的小孩，由于心脏功能受限，身体长期处于缺氧状态，会影响营养物质的运输和利用，从而影响生长发育；慢性肾病的小孩，身体的代谢功能紊乱，会影响营养的吸收和激素的平衡，进而阻碍身高增长。