尿里有蛋白可能由多种原因引起。一般来说，约40%的蛋白尿是由肾小球疾病导致的，比如原发性肾小球肾炎，像微小病变性肾病、系膜增生性肾小球肾炎等都可能引发蛋白尿；还有继发性肾小球疾病，如糖尿病肾病，通常在糖尿病病史较长（一般5年以上）的患者中较易出现，患者除了蛋白尿，还可能有血糖升高、眼底病变等表现；自身免疫性疾病累及肾脏也会出现蛋白尿，比如系统性红斑狼疮性肾炎，患者往往有面部红斑、关节疼痛等多系统受累的表现。
肾小球源性蛋白尿
肾小球滤过膜损伤： 正常情况下肾小球滤过膜能阻挡蛋白质通过，当滤过膜受损时，通透性增加，原本不能通过的蛋白质就会进入原尿形成蛋白尿。比如微小病变性肾病，其发病机制可能与肾小球上皮细胞足突间裂隙膜的分子屏障和电荷屏障受损有关。免疫复合物沉积： 一些自身免疫性疾病或感染等因素导致免疫复合物在肾小球沉积，会影响滤过膜功能引发蛋白尿。像系统性红斑狼疮时，自身抗体形成的免疫复合物沉积在肾小球，破坏滤过膜结构和功能，出现蛋白尿。
肾小管源性蛋白尿
肾小管重吸收功能障碍： 近端肾小管主要负责重吸收原尿中的小分子蛋白质，当近端肾小管受损时，重吸收功能下降，就会使小分子蛋白质从尿中排出增多。比如范可尼综合征，患者除了蛋白尿，还可能有氨基酸尿、葡萄糖尿等多种肾小管功能异常的表现。药物或中毒损伤： 某些药物如庆大霉素等肾毒性药物，或者重金属中毒等情况，会损伤肾小管，导致肾小管重吸收功能障碍，引起蛋白尿。例如长期接触汞的工人，可能因肾小管受损出现蛋白尿。
溢出性蛋白尿
异常蛋白增多： 当体内产生过多的异常蛋白质时，这些蛋白质可通过肾小球滤过，但超过了肾小管的重吸收能力，从而从尿中排出。比如多发性骨髓瘤患者，体内会产生大量的单克隆免疫球蛋白轻链，这些轻链分子量较小，能通过肾小球滤过膜，而肾小管又不能完全重吸收，就会出现蛋白尿。血红蛋白尿： 血管内溶血时，红细胞大量破坏，血红蛋白释放入血，当血红蛋白量超过结合珠蛋白的结合能力时，游离的血红蛋白就会通过肾小球滤过形成血红蛋白尿，也属于溢出性蛋白尿的一种情况。比如阵发性睡眠性血红蛋白尿患者，就会出现血红蛋白尿导致的蛋白尿。
生理性蛋白尿
剧烈运动后： 剧烈运动后可能会出现一过性的蛋白尿，一般运动结束后数小时内尿蛋白可恢复正常。研究发现，高强度运动后，尿中蛋白质含量可能会暂时升高，通常持续时间较短，一般不超过24小时。发热： 发热时体温升高，可使肾小球滤过膜的通透性增加，从而出现蛋白尿。一般体温恢复正常后，蛋白尿也会消失。比如感冒发热的患者，在发热期间可能会出现蛋白尿，热退之后多数患者蛋白尿会转阴。