姨妈期头痛可能与体内激素变化有关，据相关研究，约有一半的女性在月经期间会出现头痛症状。
激素水平波动因素
雌激素变化方面： 在月经周期中，雌激素水平会发生明显波动。月经前，雌激素水平逐渐降低，这可能会影响脑血管的张力，导致血管舒缩功能紊乱，从而引发头痛。一般在月经前1-2天雌激素下降较为明显时，头痛开始出现。前列腺素影响： 月经期间，子宫内膜会合成并释放较多的前列腺素。前列腺素除了会引起子宫收缩外，还可能会作用于血管，使脑血管收缩或扩张，进而导致头痛。而且前列腺素水平升高还可能会影响神经递质的平衡，进一步加重头痛症状。
神经递质变化因素
5-羟色胺变化： 5-羟色胺是一种与情绪、疼痛感知等相关的神经递质。在姨妈期，女性体内的5-羟色胺水平会发生变化。当5-羟色胺水平降低时，可能会导致神经调节功能失调，引发头痛。有研究发现，姨妈期头痛患者体内的5-羟色胺浓度往往低于正常女性。内啡肽变化： 内啡肽具有镇痛等作用。月经期间内啡肽水平的改变也可能与头痛有关。如果内啡肽分泌不足，就难以有效发挥镇痛作用，从而更容易出现头痛症状。
个体差异因素
遗传因素： 如果家族中有女性成员在姨妈期容易出现头痛的情况，那么个体发生姨妈期头痛的可能性就会增加。遗传因素可能会影响个体对激素变化等因素的敏感性，使得她们在姨妈期更易出现头痛症状。生活方式因素： 长期熬夜、精神压力大等不良生活方式也可能会加重姨妈期头痛。例如，长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素的正常分泌和调节；精神压力大时，人体会处于紧张状态，也会对神经递质等产生影响，从而加重头痛。而且如果在姨妈期还大量摄入咖啡、酒精等刺激性饮品，也可能会诱发或加重头痛。