肾囊肿的发生原因目前尚不十分明确，一般认为可能与多种因素有关。比如先天性发育异常，在胚胎发育过程中，肾小管的发育出现异常，就可能逐渐形成肾囊肿，这种情况在一些遗传性肾囊肿疾病中较为常见。
遗传因素相关
常染色体显性遗传： 约半数的肾囊肿与常染色体显性遗传有关，这种遗传方式使得后代有50%的概率遗传到致病基因从而发病。例如，成人型多囊肾就是常见的由常染色体显性遗传引起的肾囊肿疾病，往往在中年以后逐渐出现多个肾囊肿，并可能逐渐影响肾功能。常染色体隐性遗传： 常染色体隐性遗传导致的肾囊肿相对较少见，多在婴儿或儿童时期发病，病情通常较为严重，可能同时伴有其他器官的病变。
年龄因素影响
成年人： 随着年龄的增长，肾脏的结构和功能会发生一定的变化，肾小管憩室逐渐增多，这是成年人肾囊肿发生率增加的一个因素。一般在40 - 50岁以后，通过B超等检查发现肾囊肿的概率会明显升高。据统计，50岁以上的人群中，肾囊肿的检出率能达到50%左右。儿童： 儿童肾囊肿相对少见，但也有部分儿童会出现肾囊肿，可能与先天性的肾脏发育异常等因素有关，但相对成年人来说比例较低。
其他因素关联
肾小管阻塞： 肾小管阻塞会导致尿液排出不畅，肾小管内压力增高，远端肾小管逐渐扩张，最终形成囊肿。比如某些原因导致肾小管的局部狭窄或堵塞，使得尿液在局部积聚，进而形成囊肿。代谢异常： 一些代谢异常也可能与肾囊肿的发生有关。例如，体内某些酶的缺乏或代谢途径的紊乱，可能影响肾脏的正常结构和功能，增加肾囊肿形成的风险。不过目前对于代谢异常与肾囊肿具体的关联机制还在进一步研究中。