肾囊肿发病的原因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。比如先天性发育异常，在胚胎发育过程中，肾小管发育异常可能会形成肾囊肿，这种情况在一些遗传性肾脏疾病中较为常见。
遗传因素相关
常染色体显性遗传： 约有70%的肾囊肿与常染色体显性遗传有关。这种遗传方式会使基因发生突变，导致肾脏出现囊肿。例如，家族中有肾囊肿患者的话，其直系亲属患病风险相对较高，有一定的遗传概率。常染色体隐性遗传： 常染色体隐性遗传导致的肾囊肿相对较少见，一般在婴儿期或儿童期就会发病，病情往往比较严重。
后天因素影响
年龄因素： 随着年龄的增长，肾囊肿的发生率会逐渐升高。一般在50岁以上的人群中，通过超声等检查发现肾囊肿的比例会明显增加，有资料显示50岁以上人群中约有50%的人可能存在肾囊肿。感染因素： 反复的泌尿系统感染可能会对肾脏组织产生刺激，从而增加肾囊肿发生的风险。比如长期存在肾盂肾炎等泌尿系统感染疾病，肾脏组织长期处于炎症环境中，可能影响肾脏的正常结构和功能，引发囊肿。不良生活方式： 长期的高盐饮食可能会影响肾脏的代谢功能，增加肾脏的负担，进而与肾囊肿的发生有一定关联。还有长期大量吸烟的人，烟草中的有害物质可能损害肾脏细胞，影响肾脏的正常生理功能，也可能促使肾囊肿形成。