肚子疼有时疼有时不疼可能由多种原因引起，比如胃肠道功能紊乱，这种情况在人群中较为常见，约有10% - 20%的人会受到胃肠道功能紊乱的困扰。
一、胃肠道功能紊乱导致
饮食不规律： 如果经常暴饮暴食，或者进食过多辛辣、油腻、刺激性食物，就容易引起胃肠道功能紊乱，出现肚子疼有时疼有时不疼的情况。比如长期大量吃辣椒、油炸食品等，会刺激胃肠道黏膜，导致胃肠蠕动功能失调。精神因素影响： 长期处于紧张、焦虑、压力大的状态下，也会影响胃肠道的正常功能。例如，一些学生考试前、工作者面临重大项目时，可能会出现肚子疼有时轻有时重的情况，这是因为精神紧张会通过神经内分泌系统影响胃肠道的蠕动和消化液分泌。
二、消化系统疾病引发
胃炎： 患有慢性胃炎的人，胃黏膜处于受损状态，会出现间断性的肚子疼。比如慢性非萎缩性胃炎患者，进食后可能会出现上腹部隐痛，有时疼痛不明显，有时又会加重。其发病可能与幽门螺杆菌感染有关，约50% - 80%的慢性活动性胃炎患者有幽门螺杆菌感染。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，主要症状就是腹痛、腹胀，疼痛部位不定，而且疼痛程度时轻时重，还常伴有排便习惯改变，如腹泻或便秘。比如有的患者会在情绪波动后出现肚子疼，有时疼得厉害，有时又相对缓解。
三、胆道系统问题导致
胆囊结石： 当胆囊结石移动时，可能会引起右上腹间断性的疼痛，有时疼得明显，有时不疼。比如结石在胆囊内移动，刺激胆囊壁，就会出现肚子疼的情况，而且疼痛可能会放射到右肩背部。据统计，胆囊结石在人群中的患病率约为10%左右。胆管炎： 胆管炎症发作时也会出现间断性的腹痛，同时可能伴有黄疸、发热等症状。比如急性胆管炎发作时，患者会先出现上腹部或右上腹的疼痛，有时疼痛会缓解，然后又再次加重。