卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要有以下几种：
1.手术治疗：
保守性手术：年轻、有生育要求的患者，可行卵巢巧克力囊肿剔除术，尽量保留正常卵巢组织。
半根治性手术：无生育要求、年龄较大的患者，可行子宫及双侧附件切除术。
根治性手术：病变广泛、无法保留生育功能或合并其他妇科疾病的患者，可行全子宫及双侧附件切除术。
2.药物治疗：
假孕疗法：口服避孕药，使异位的子宫内膜发生蜕膜化和萎缩。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂，造成人工绝经，使异位的子宫内膜逐渐萎缩。
3.中医治疗：
中药灌肠：将活血化瘀、软坚散结的中药煎剂自肛门灌入，使药物直达病所，以促进局部血液循环，缓解症状。
中药外敷：将活血化瘀、消肿止痛的中药敷于腹部，通过皮肤吸收，以达到治疗目的。
4.饮食调理：
多吃富含维生素的食物，如蔬菜、水果等。
多吃富含蛋白质的食物，如瘦肉、鸡蛋、牛奶等。
避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等。
需要注意的是，卵巢巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的年龄、症状、生育要求等因素来选择。患者应在医生的指导下，选择合适的治疗方法。