卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，主要是由于子宫内膜异位到卵巢，在卵巢内形成的陈旧性积血，属于良性病变，但具有类似恶性肿瘤的远处种植、复发能力。其治疗方法主要有以下几种：
1.药物治疗：
假孕疗法：通过使用孕激素，使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，从而闭经。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂，通过抑制垂体功能，引起卵巢激素水平低落，出现暂时性闭经。
2.手术治疗：
保守性手术：保留子宫及双侧、一侧卵巢，至少部分卵巢组织。适用于年轻、有生育要求者。术后有复发可能，需要长期随访。
半根治性手术：行全子宫及双侧附件切除术，不保留卵巢功能。适用于近绝经期，或虽年轻但病情严重者。术后卵巢功能早衰，需要激素替代治疗。
3.介入治疗：通过介入治疗的方法，直接将药物注入卵巢囊肿内，使囊肿萎缩、消失。这种方法微创、副作用小，但有复发的可能。
卵巢巧克力囊肿的病因尚不完全清楚，可能与以下因素有关：
1.种植学说：月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流，通过输卵管进入腹腔，种植在卵巢和盆腔其他部位。
2.化生内膜：卵巢表面上皮、腹膜在周期性的卵巢激素刺激下，均能发生类似子宫内膜的变化，从而形成子宫内膜异位症。
3.医源性内膜移植：剖宫产术、分娩时将子宫内膜带至腹壁切口，缝合切口时将子宫内膜带入腹腔，均可使子宫内膜在腹腔内种植生长。
4.免疫防御功能缺陷：患者免疫功能缺陷，对异位内膜的免疫清除能力下降，导致异位内膜得以存活。
5.遗传因素：部分患者有家族遗传史，可能与遗传因素有关。
总之，卵巢巧克力囊肿的治疗方法因人而异，需要根据患者的年龄、症状、生育要求等因素综合考虑。患者应在医生的指导下选择合适的治疗方法。