卵巢囊肿的治疗方法需根据囊肿的性质、大小等情况来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有可能在2-3个月经周期后自行消失，可不做特殊处理，定期复查即可。
一、观察随访
无症状的生理性囊肿： 如果是超声检查发现的直径小于5厘米的卵巢囊肿，且考虑为生理性囊肿（如滤泡囊肿、黄体囊肿等），通常建议每隔1-3个月复查超声，观察囊肿的变化情况。一般生理性囊肿会在2-3个月经周期后自行消退。小的良性囊肿： 对于直径在5厘米左右，没有明显症状，且考虑为良性的囊肿，也可以先定期随访观察，每3-6个月进行一次超声检查，了解囊肿大小、形态等有无变化。
二、药物治疗
激素类药物： 对于一些因内分泌因素引起的卵巢囊肿，如子宫内膜异位囊肿（属于卵巢巧克力囊肿），可能会使用短效避孕药等激素类药物。短效避孕药可以调节月经周期，抑制异位内膜的生长，从而在一定程度上控制卵巢囊肿的发展，但药物治疗一般不能使囊肿完全消失，且需要在医生指导下规范用药。抗炎药物： 如果是卵巢炎性囊肿，多是由盆腔炎症波及卵巢引起，此时可能需要使用抗生素进行抗炎治疗。一般根据药敏试验选择合适的抗生素，经过规范的抗炎治疗后，炎症得到控制，炎性囊肿有可能缩小。
三、手术治疗
囊肿剥除术： 适用于年轻、有生育要求的患者。通过手术将卵巢上的囊肿剥除，保留正常的卵巢组织，尽量不影响卵巢功能和生育能力。例如，对于卵巢子宫内膜异位囊肿，可采用这种手术方式。患侧卵巢切除术： 当囊肿较大，性质可疑为恶性，或者患者没有生育要求时，可能会考虑行患侧卵巢切除术。比如，超声提示囊肿实性成分较多、血流丰富等可疑恶性表现时，为了明确诊断和彻底治疗，可能会采取这种手术方式。全子宫及双侧附件切除术： 适用于年龄较大、无生育要求，且囊肿为恶性肿瘤的情况。这种手术是将子宫和双侧卵巢、输卵管一并切除，以达到彻底清除病灶的目的。