早上起床口臭的原因有多种。其中口腔局部问题较为常见，比如大约50%以上的口臭是由口腔卫生不良引起的。如果睡前没好好刷牙，口腔里残留的食物残渣经过一晚上的发酵，就会产生异味导致口臭。另外，患有龋齿（蛀牙）、牙龈炎、牙周炎等口腔疾病时，也容易出现早上起床口臭的情况。比如龋齿里容易藏污纳垢，细菌滋生会产生臭味；牙龈炎患者牙龈部位有炎症，也会伴随口臭问题。
口腔局部因素导致
口腔卫生差： 若每天刷牙时间不足3分钟，或者刷牙方法不正确，就容易让食物残渣在牙齿缝隙、牙龈周围残留。建议每天至少刷牙2次，每次刷牙时间保证3分钟以上，采用巴氏刷牙法，能有效清洁口腔。口腔疾病影响： 像牙周炎患者，牙龈会红肿、出血，牙周袋内会有脓性分泌物，这些都会引发口臭。患有龋齿的牙齿，龋洞内会堆积细菌和腐败物质，也是口臭的一个来源。
胃肠道问题引发
消化不良： 晚上进食过多或者吃了不易消化的食物，比如晚餐吃了大量油炸食品，夜间胃肠道蠕动减慢，食物在胃肠内停留时间过长，就容易导致早上起床口臭。一般建议晚餐不要吃得过饱，以七八分饱为宜，尽量选择易消化的食物，如粥、面条等。幽门螺杆菌感染： 感染幽门螺杆菌的人中有一定比例会出现早上起床口臭的情况。幽门螺杆菌在胃内定植，会产生尿素酶等物质，分解尿素产生有异味的气体。如果怀疑有幽门螺杆菌感染，需要去医院进行相关检测，如呼气试验等。
其他全身因素导致
呼吸道疾病： 比如慢性鼻窦炎、支气管炎等，呼吸道产生的分泌物可能会带有异味，经口腔呼出，导致早上起床口臭。像慢性鼻窦炎患者，鼻窦内的脓性分泌物倒流至咽部，就会引发口臭。内分泌紊乱： 例如糖尿病患者血糖控制不佳时，会出现酮症酸中毒，呼吸中会有烂苹果味，也可能表现为早上起床口臭。糖尿病患者需要严格控制血糖，定期监测血糖水平。