宫颈纳氏囊肿通常是宫颈的生理性变化，一般不需要特殊治疗。但如果合并其他宫颈病变等情况时可能需要相应处理。一般来说，约90%的女性在其一生中可能会出现宫颈纳氏囊肿，但多数无症状。
无需治疗的情况
多数生理性囊肿： 宫颈纳氏囊肿主要是宫颈腺管口被堵塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成的囊肿。大多数情况下，这种生理性的囊肿没有明显症状，也不会对身体造成危害，所以不需要进行特殊治疗，定期进行宫颈筛查即可，比如每年做一次TCT（薄层液基细胞学检测）和HPV（人乳头瘤病毒）检测，观察宫颈的情况。
合并炎症时的处理
药物治疗针对炎症： 如果宫颈纳氏囊肿合并有宫颈炎症，出现白带增多、发黄等症状时，可能需要进行药物治疗。例如可以使用一些抗炎的栓剂，像保妇康栓等，通过阴道给药来缓解炎症相关症状。但药物治疗要在医生指导下进行，不能自行随意用药。
囊肿较大或有其他异常时的处理
物理治疗方法： 当宫颈纳氏囊肿较大，或者合并有宫颈肥大等情况时，可能会采用物理治疗。比如激光治疗，利用激光的能量破坏囊肿的囊壁，使囊液流出，从而改善症状。一般激光治疗后要注意保持外阴清洁，避免性生活1-2个月，让宫颈有修复的时间。还有冷冻治疗，通过低温使囊肿组织坏死脱落，进而达到治疗目的。手术治疗情况较少： 极少数情况下，宫颈纳氏囊肿可能需要手术治疗，比如囊肿很大，或者怀疑有其他病变时，会考虑手术切除。但手术治疗相对来说是比较少用的情况，通常是在其他治疗方法不适用或者病情比较特殊时才会采用。