治疗毛囊炎较好的外用药有多种，比如莫匹罗星软膏，一般价格在几元到十几元不等，它适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。
抗生素类外用药
莫匹罗星软膏： 对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌作用，可用于治疗脓疱病、疖肿、毛囊炎等原发性皮肤感染。使用时需注意，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 主要成分夫西地酸对与皮肤感染有关的各种革兰阳性球菌尤其对葡萄球菌高度敏感，对耐药金黄色葡萄球菌也有效，对某些革兰阴性菌也有一定抗菌作用。使用时应避免在眼部周围使用，若使用中出现过敏症状应立即停药。
抗真菌类外用药
酮康唑乳膏： 抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢，对皮肤癣菌和念珠菌均有抗菌作用，可用于治疗由皮肤癣菌、酵母菌及其他真菌引起的皮肤真菌病，如体癣、股癣、手癣、足癣、花斑癣、头癣、须癣、甲癣等，也可用于皮肤念珠菌病。但孕妇及哺乳期妇女应权衡利弊后慎用，避免长期大面积使用。硝酸咪康唑乳膏： 抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程，对皮肤真菌、念珠菌等有抗菌作用，适用于由皮真菌、酵母菌及其他真菌引起的皮肤、指（趾）甲感染，如体股癣、手足癣、花斑癣、头癣、须癣、甲癣等；也可用于皮肤、指（趾）甲念珠菌病；还可用于由酵母菌（如念珠菌等）和革兰阳性细菌引起的阴道感染和继发感染。孕妇及哺乳期妇女慎用，避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等）。
中药类外用药
如意金黄散： 由姜黄、大黄、黄柏、苍术、厚朴、陈皮、甘草、生天南星、白芷、天花粉等中药组成，具有清热解毒、消肿止痛的功效，可用于热毒瘀滞肌肤所致的疮疖肿痛，症见肌肤红、肿、热、痛，也可用于毛囊炎见上述证候者。使用时需用醋或白酒调敷患处，外用过敏者应停用。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，具有消肿、防腐及促进吸收的作用，适用于疖肿。使用时注意避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等），用药部位如有烧灼感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。