治疗毛囊炎常用的药物有抗生素类、抗真菌类等。一般来说，轻度毛囊炎可外用药物治疗，中重度可能需要结合口服药物。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于细菌感染引起的毛囊炎。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用。一般直接涂抹在患处，每天2 - 3次。注意对莫匹罗星过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。用法是局部外用，涂于患处，一日2 - 3次。使用时要避免接触眼睛、口、鼻等黏膜部位。
外用抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是真菌感染导致的毛囊炎，可使用该药物。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。外用时，均匀涂于患处，一日1 - 2次。需要注意的是，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。特比萘芬乳膏： 同样用于治疗真菌引起的毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞壁的合成。外用，一日1次，涂抹于患处。对特比萘芬过敏者禁用。
口服药物
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素（不过要确认患者不对头孢过敏），它可以通过抑制细菌细胞壁的合成来杀灭细菌。但使用前必须告知医生自己的过敏史等情况。抗真菌类口服药： 如果是顽固的真菌感染引起的毛囊炎，可能会用到口服抗真菌药，如伊曲康唑。它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌固醇的合成。不过口服抗真菌药有一定的肝毒性风险，使用期间需要定期监测肝功能。在治疗毛囊炎时，除了用药，还需要注意保持皮肤清洁，避免搔抓刺激，防止感染扩散。如果毛囊炎反复发作，要及时就医，排查是否有糖尿病等基础疾病。同时，不同人群使用药物需要特别注意，比如儿童使用药物时要谨慎选择，避免使用不适合的药物。