肾结石的形成与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶，逐渐形成结石。比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就容易长肾结石。
代谢异常方面
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就为肾结石的形成提供了物质基础。例如，尿酸排泄过多的人，患尿酸结石的风险会升高；草酸摄入过多，像一些人常大量吃菠菜等富含草酸的蔬菜，就可能增加草酸钙结石的形成几率。尿量过少： 人体每天需要保证足够的尿量来稀释尿液中的成石物质。如果每天尿量少于1000 - 1500毫升，尿液中成石物质的浓度就会相对升高，更容易析出结晶形成结石。
局部因素影响
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、肿瘤等情况导致尿液排出不畅时，尿液在肾脏内潴留，会使尿液中的结晶更容易沉积下来，从而促进肾结石的形成。比如肾盂输尿管连接处狭窄的患者，就比常人更易长肾结石。感染因素： 泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。而且感染还会改变尿液的酸碱度，进一步影响结石的形成。例如，尿路感染导致尿液呈碱性时，容易形成磷酸镁铵结石。
其他因素作用
饮食与生活习惯： 长期高钙、高嘌呤、高草酸饮食，以及饮水过少、缺乏运动等生活习惯都与肾结石形成有关。像喜欢喝浓茶的人，茶叶中的某些成分可能增加肾结石风险；长期久坐不动的人，尿液排泄不畅，也利于结石形成。某些疾病影响： 一些代谢性疾病，如甲状旁腺功能亢进，会使血钙升高，进而导致尿钙增多，容易形成肾结石；还有肾小管酸中毒等疾病，也会影响尿液的成分和酸碱度，增加肾结石发生的可能性。