肾结石形成的原因有多种。首先，代谢异常是一个重要因素。例如，尿液中钙、草酸、尿酸等物质的排泄量增加。像尿液中钙排泄增多，就容易形成以钙盐为主的肾结石，大约有60%的肾结石患者存在钙代谢异常情况。
代谢方面的原因
尿液成分异常： 当尿液中某些物质的浓度过高时，就容易析出形成结石。比如尿钙排泄增多，超过了尿液的溶解度，钙就会结晶沉淀，逐渐形成肾结石。还有尿酸排泄过多，当尿液中尿酸浓度过高，pH值又偏低时，尿酸就容易形成结晶，进而发展成尿酸结石。枸橼酸分泌减少： 枸橼酸可以抑制尿液中晶体的形成和聚集。如果枸橼酸分泌减少，就会降低对结石形成的抑制作用，增加肾结石的发生风险。
局部因素
尿路梗阻： 尿路梗阻会导致尿液排出不畅，尿液在肾脏内停留时间过长，一些物质就容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄，会使尿液引流受阻，尿液中的晶体物质更容易沉积下来形成结石。另外，前列腺增生也可能引起尿路梗阻，增加肾结石形成的可能性。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体附着沉积，从而形成结石。例如变形杆菌感染时，细菌产生的尿素酶会分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙等沉淀，形成感染性结石。
生活方式因素
饮水不足： 每天饮水量如果少于1500毫升，尿液就会浓缩，尿液中各种溶质的浓度相对升高，容易形成结石。比如长时间工作、运动后没有及时补充水分，就会增加肾结石的发病几率。饮食不当： 高草酸饮食是一个重要诱因，像菠菜、苋菜、巧克力等食物中草酸含量较高，长期大量食用这类食物，会使尿液中草酸含量增多，容易形成草酸钙结石。高嘌呤饮食也会增加肾结石风险，动物内脏、海鲜、啤酒等富含嘌呤，嘌呤代谢的最终产物是尿酸，尿酸增多易形成尿酸结石。