发烧反复发作可能由多种原因引起。比如感染因素未得到有效控制时就容易出现反复发烧，像细菌感染引起的肺炎，若抗生素使用疗程不足，一般用药3 - 5天病情才会逐渐稳定，否则就可能反复发烧。
感染性因素导致反复发烧
细菌感染未清除：细菌种类复杂引发的反复
不同种类的细菌感染都可能导致发烧反复。例如肺炎链球菌引起的肺炎，体内的免疫系统在与细菌抗争过程中会出现发烧情况，如果没有针对该细菌使用足够敏感的抗生素，细菌持续在体内繁殖，就会让发烧反复出现。像金黄色葡萄球菌引起的皮肤感染，若没有彻底清除病菌，炎症持续存在，也会使体温反复升高。
病毒感染持续活跃：病毒变异或免疫反应延迟
一些病毒感染也容易造成反复发烧，比如流感病毒引起的流感。流感病毒可能发生变异，人体的免疫系统需要时间来识别新的病毒株，在这个过程中体温会反复波动。还有EB病毒引起的传染性单核细胞增多症，病毒在体内持续复制，机体的免疫应答不能迅速将其完全清除，就会出现长时间的反复发烧，可能持续1 - 2周甚至更久。
非感染性因素导致反复发烧
自身免疫性疾病作祟：免疫系统错误攻击自身组织
像系统性红斑狼疮，这是一种自身免疫性疾病，自身的免疫系统会错误地攻击自身的组织器官，从而引发炎症反应导致发烧，而且这种发烧往往会反复出现。还有类风湿关节炎，免疫系统攻击关节滑膜等组织，造成关节炎症的同时也会引起身体的发烧症状，并且病情活动期容易反复发烧。
肿瘤性疾病影响：肿瘤细胞释放致热物质
某些肿瘤性疾病也会导致反复发烧，例如白血病。白血病患者体内的异常白细胞大量增殖，会释放出一些致热物质，同时患者的免疫功能受到影响，容易合并感染，双重因素作用下就会出现反复发烧的情况。还有肝癌等实体肿瘤，肿瘤组织坏死等情况也可能释放致热因子，引起体温反复升高。