肛漏主要症状有肛周反复流脓，通常每天会有少量脓性、血性、黏液性分泌物排出，有时分泌物会刺激肛周皮肤，引起瘙痒不适。比如有的患者肛周每天都会有分泌物渗出，久而久之肛周皮肤会变得潮湿、瘙痒。
局部症状表现
肛周流脓： 瘘管外口持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物是肛漏的主要症状之一。分泌物多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管分泌物较多，脓稠，味臭，色黄；陈旧性瘘管分泌物较少，或时有时无，呈稀淡水样。疼痛： 当瘘管通畅无炎症时，一般不会感到疼痛，仅感觉局部发胀不适，行走时加重。若外口阻塞，瘘管内脓液积聚，或粪便进入瘘管，可引起疼痛。较大的高位肛漏，可引起会阴部坠胀感，排便时疼痛加重。
全身症状情况
急性炎症期及复杂性肛漏： 可伴有发热、寒战、乏力等全身症状。一般来说，单纯性肛漏无全身症状，当肛漏外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可出现明显的全身感染症状，如发热，体温可在38~39℃左右，甚至更高，并伴有局部红肿热痛等表现。
肛周外观表现
肛周外口： 肛周皮肤可见一个或多个外口，呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，压之有少量脓性分泌物排出，外口数目及与肛门的位置关系对诊断肛漏很有帮助：外口距肛门缘越近，肛瘘越短；越远，瘘管越长。若外口暂时封闭，局部可出现红肿疼痛，体温升高，封闭的外口可再穿破或在其他处形成新的外口。肛周皮肤改变： 由于分泌物长期刺激肛周皮肤，可导致肛周皮肤潮湿、瘙痒，甚至出现湿疹样改变。皮肤可因搔抓而变得粗糙、肥厚。