耳廓假性囊肿的引起原因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。
机械性刺激相关因素
局部挤压摩擦： 有些人可能因为睡觉时长时间压迫耳廓，或者经常用手触摸、按压耳廓等机械性刺激，导致耳廓局部微循环障碍，淋巴液回流不畅，从而逐渐形成囊肿。比如长时间侧睡，总是压迫同一侧耳廓，就可能增加患病风险。外伤因素： 耳部受到轻微的外伤，像不经意的碰撞、挫伤等，虽然外伤程度很轻，不易被察觉，但也可能引起耳廓局部组织的病理改变，影响淋巴液的正常循环，进而促使耳廓假性囊肿的形成。
炎症相关因素
局部炎症反应： 耳廓局部存在潜在的轻微炎症，虽然没有明显的红、肿、热、痛等典型炎症表现，但炎症反应会导致局部组织的通透性改变，使得淋巴液渗出增加。例如耳部皮肤的轻度感染或非感染性炎症，持续刺激耳廓组织，就可能引发耳廓假性囊肿。免疫因素参与： 机体的免疫反应也可能在耳廓假性囊肿的形成中起到一定作用。当局部出现一些异常情况时，免疫系统被激活，可能会导致耳廓组织内的液体代谢失衡，淋巴液积聚形成囊肿。不过具体的免疫机制还需要进一步深入研究来明确。
其他可能因素
先天性发育异常： 有研究推测可能存在先天性的耳廓组织结构发育异常，使得耳廓局部的淋巴系统等结构存在潜在的缺陷，容易在后天因素的影响下出现淋巴液潴留，最终形成耳廓假性囊肿。但这种先天性因素导致的情况相对较为少见。内分泌因素： 内分泌的变化也可能与耳廓假性囊肿的发生有关。比如某些激素水平的波动，可能会影响耳廓组织的水分和电解质平衡，从而干扰淋巴液的正常循环，增加耳廓假性囊肿的发病几率。不过目前关于内分泌因素与耳廓假性囊肿的具体关联还需要更多的临床研究来证实。