耳廓囊肿的引起原因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是机械性因素，比如局部受到某些外力的压迫、摩擦等，可能会导致耳廓局部的淋巴液回流不畅，进而形成囊肿。另外，先天性的发育异常也可能是一个因素，胚胎发育过程中如果出现异常，可能会导致耳廓局部出现这种囊肿样的改变。还有一种情况是耳廓局部的微循环障碍，当局部微循环出现问题时，组织液的代谢可能会受到影响，也有可能引发耳廓囊肿。
机械性因素相关情况
外力压迫摩擦： 日常生活中，如果长时间侧着睡且压迫到耳廓，或者耳部受到一些不太明显的摩擦，比如经常戴过紧的耳机等，就可能影响耳廓局部淋巴液的正常回流。长时间的这种外力作用，就有可能使淋巴液在局部积聚，从而形成囊肿。比如有些人长时间佩戴过紧的耳机，持续压迫耳部，一段时间后就可能出现耳廓囊肿。睡眠姿势影响： 长期固定一种睡眠姿势，持续压迫一侧耳廓，也容易造成局部循环障碍，增加耳廓囊肿的发生风险。例如，总是习惯右侧卧位睡觉，右侧耳廓长期受到压迫，就比左侧耳廓更易出现相关问题。
先天性发育异常方面
胚胎发育阶段： 在胚胎发育的早期，耳廓的组织结构形成过程中，如果出现发育异常，就可能导致耳廓局部出现囊肿样的结构。这种先天性的发育异常往往从胚胎时期就已经埋下隐患，但可能在出生后才逐渐显现出来。比如胚胎发育过程中耳廓局部的组织分化出现偏差，就可能为耳廓囊肿的形成创造条件。遗传因素关联： 虽然目前关于耳廓囊肿与遗传的直接关联证据不是特别充分，但有研究推测可能存在一定的遗传易感性。如果家族中有过耳廓囊肿的病例，那么后代出现耳廓囊肿的概率可能会相对高一些，但这也不是绝对的，只是存在一定的遗传倾向。
微循环障碍导致
局部微循环不畅： 当耳廓局部的微循环出现障碍时，组织液的生成和回流就会失去平衡。正常情况下，组织液不断生成又不断回流，如果回流受阻，组织液就会在局部积聚。耳廓局部的微循环障碍可能由多种原因引起，比如局部受到寒冷刺激，导致血管收缩，影响血液和淋巴液的循环；或者局部发生炎症等情况，也可能干扰微循环。一旦微循环不畅，就有可能引发耳廓囊肿。炎症影响微循环： 耳部如果发生一些轻微的炎症反应，虽然炎症可能不严重，但也可能影响到局部的微循环。炎症会使局部的血管通透性改变，进而影响组织液的正常代谢，导致淋巴液等在局部积聚，最终形成耳廓囊肿。比如耳部受到轻微的细菌感染，引发局部炎症，就可能影响到耳廓的微循环，增加囊肿形成的可能性。