男子精子稀少的原因有多种。一般来说，精索静脉曲张是常见原因之一，据统计，约有39%的男性不育是由精索静脉曲张引起的，它会使睾丸局部温度升高，影响睾丸的生精功能。
内分泌因素
激素水平异常： 下丘脑 - 垂体 - 性腺轴功能障碍会影响精子的生成。例如促性腺激素缺乏，会导致睾丸生精功能减退。促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）水平异常时，都会干扰精子的产生过程。甲状腺疾病： 甲状腺功能亢进或减退也可能影响精子数量。甲状腺激素分泌异常会打乱内分泌平衡，进而对精子的生成和发育产生不良影响。比如甲状腺功能减退时，机体代谢率降低，可能波及生殖系统，导致精子稀少。
生殖系统感染
附睾炎： 附睾是储存和输送精子的重要器官，发生炎症时，会影响精子的质量和数量。病原体感染附睾后，会引发局部的炎症反应，破坏附睾内的微环境，阻碍精子的正常生成和成熟。前列腺炎： 前列腺分泌的前列腺液是精液的重要组成部分，当前列腺发生炎症时，会影响精液的成分和理化性质，从而影响精子的生存和活动，导致精子稀少。例如慢性前列腺炎患者，精液中的白细胞增多，酸碱平衡失调等，都不利于精子的存活。
不良生活方式
吸烟酗酒： 长期大量吸烟酗酒会严重影响精子质量。烟草中的尼古丁等有害物质会损害精子的DNA，影响精子的生成和活力；酒精会干扰内分泌功能，抑制睾丸的生精功能，导致精子数量减少。有研究表明，每天吸烟超过20支的男性，精子密度明显低于不吸烟者。高温环境： 长期处于高温环境中也会对精子产生不利影响。比如经常穿紧身裤、长时间泡热水澡、久坐等，会使阴囊局部温度升高，超过精子适宜生存的温度，影响精子的生成和发育，导致精子稀少。