怀孕40天孕酮20ng/ml属于偏低水平，孕酮水平偏低可能会增加流产的风险，同时还可能与以下因素有关。
1.黄体功能不足：怀孕后，卵巢黄体分泌孕酮来维持妊娠。如果黄体功能不足，孕酮分泌减少，就会导致孕酮水平偏低。
2.胚胎发育异常：孕酮水平偏低也可能是胚胎发育异常的一个表现。如果胚胎本身存在问题，可能会影响孕酮的合成和分泌。
3.其他因素：此外，一些其他因素也可能影响孕酮水平，如全身性疾病、甲状腺功能减退、肾上腺功能紊乱等。
如果发现怀孕40天孕酮20ng/ml，需要结合其他检查结果（如血β-HCG水平、B超检查等）综合判断，并采取相应的措施。医生可能会建议以下处理方法。
1.复查孕酮和血β-HCG：一般需要间隔2~3天复查孕酮和血β-HCG，了解其增长情况。如果孕酮呈上升趋势，且血β-HCG翻倍良好，提示胚胎发育正常，流产的风险较小。
2.B超检查：在复查孕酮的同时，医生会安排B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。如果B超检查看到胎芽和胎心搏动，也提示胚胎发育良好。
3.补充孕激素：如果孕酮水平确实偏低，医生可能会建议口服或肌内注射孕激素来补充孕酮，以提高黄体功能，维持妊娠。常用的孕激素有黄体酮胶囊、地屈孕酮等。
4.注意休息：在补充孕激素期间，需要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。同时，要保持良好的心态，避免紧张和焦虑情绪。
5.定期复查：需要按照医生的建议定期复查孕酮和血β-HCG，以及B超检查，密切监测胚胎的发育情况。
需要注意的是，孕酮水平偏低并不一定意味着一定会发生流产，但需要引起重视。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。此外，在怀孕早期，还需要注意补充叶酸，预防神经管畸形。同时，要避免接触有害物质，如放射线、农药、化学毒物等。如果对孕酮水平偏低有疑问或担忧，建议及时咨询医生，以便获得更详细和个性化的建议。