自然流产没流干净，可能会出现持续出血、腹痛等症状，需要及时就医，医生一般会根据残留物的大小、位置等因素，采取以下治疗方法：
1.药物治疗：如果残留物较小，可以遵医嘱使用益母草颗粒、新生化颗粒等药物，促进子宫收缩，帮助残留物排出。
2.清宫手术：如果残留物较大，或者药物治疗效果不佳，医生可能会建议进行清宫手术，即通过手术清除子宫内的残留物。清宫手术一般在麻醉下进行，是一种较为安全的操作。
3.其他治疗方法：如果患者有感染的风险，医生可能会使用抗生素进行治疗。此外，患者还需要注意休息，加强营养，保持会阴部清洁，避免性生活和盆浴，以促进身体的恢复。
需要注意的是，自然流产后没流干净的处理方法需要根据个体情况而定，患者应在医生的指导下进行治疗。同时，患者在治疗期间应密切观察身体状况，如果出现出血量增多、腹痛加剧等异常情况，应及时就医。