自然流产没流干净，应及时就医，医生一般会根据残留物的大小、位置等因素，采取以下治疗方法：
1.药物治疗：如果残留物较小，医生可能会建议使用促进子宫收缩的药物，如益母草、缩宫素等，帮助残留物排出。同时，还可能会使用抗生素预防感染。
2.清宫手术：如果残留物较大，或药物治疗效果不佳，医生可能会建议进行清宫手术，即通过手术器械将残留物清除干净。清宫手术一般在麻醉下进行，是一种较为安全有效的治疗方法。
3.其他治疗方法：如果自然流产没流干净的情况较为复杂，医生可能会根据具体情况采取其他治疗方法，如宫腔镜下清宫术、子宫动脉栓塞术等。
需要注意的是，自然流产没流干净可能会导致多种并发症，如出血、感染、宫腔粘连等，严重时甚至会影响生育。因此，一旦发现自然流产没流干净，应及时就医，遵医嘱进行治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止性生活。