乙肝和甲肝哪个更严重不能一概而论，一般来说，乙肝转为慢性的概率更高，约有5%~10%的乙肝感染者会发展为慢性乙肝，而甲肝大多为急性病程，多数患者在3~6个月内康复。
传播途径方面
甲肝：主要通过粪-口途径传播，比如食用被甲肝病毒污染的食物、水源等。例如在一些卫生条件较差、未彻底消毒的集体食堂，容易引起甲肝暴发流行。乙肝：传播途径相对复杂，主要有母婴传播、血液传播（如输入被乙肝病毒污染的血液或血制品、共用注射器等）、性传播。母婴传播是乙肝重要的传播途径，母亲为乙肝病毒携带者时，可在分娩过程中或产后将病毒传给婴儿。
病程发展差异
甲肝：多数为急性感染，临床表现多为急性肝炎，有乏力、食欲减退、黄疸等症状，但一般预后较好，不会转为慢性。大部分患者经过休息、对症治疗后，几个月内就能康复。乙肝：部分人感染后会转为慢性。慢性乙肝患者病情可能会缓慢进展，若不及时治疗，可能会发展为肝硬化、肝癌等严重后果。据统计，慢性乙肝患者中约有20%~30%会发展为肝硬化，肝硬化患者中又有一定比例会发展为肝癌。
治疗特点不同
甲肝：以对症支持治疗为主，一般不需要抗病毒治疗。通过卧床休息、合理饮食、使用保肝药物等，帮助肝脏恢复功能，大多数患者能痊愈。乙肝：治疗较为复杂，对于符合抗病毒指征的患者，需要长期服用抗病毒药物，如核苷类似物等，来抑制乙肝病毒复制，延缓病情进展，但目前很难完全治愈。而且需要定期监测肝功能、乙肝病毒载量等指标，以便调整治疗方案。