非淋菌性尿道炎主要症状包括尿道不适等情况。男性患者常见尿道刺痒、灼痛，还可能伴有尿频、尿急，有的尿道口会有少量稀薄的浆液性分泌物，晨起时可能会发现尿道口有痂膜封住或内裤被污染。女性患者症状相对男性来说没那么典型，多数人有尿道不适、白带增多的情况，部分人会出现阴道及外阴瘙痒，少数人会有下腹部不适等症状。
尿道局部症状表现
尿道刺痒感： 患者会感觉尿道内有轻微的瘙痒不适，这种感觉可能会持续存在，时轻时重。一般在排尿前后或者长时间不排尿后会比较明显。尿道灼痛感： 在排尿过程中或者排尿后，尿道会有烧灼样的疼痛，疼痛程度因人而异，有的比较轻微，有的可能较为明显，影响患者的排尿感受。
分泌物相关症状
男性分泌物情况： 男性患者尿道口可能会有少量稀薄的分泌物，颜色多为透明或者微白。在早晨起床时，由于夜间尿液的积聚，可能会发现尿道口有痂膜封住，或者内裤上有污染的痕迹。这种分泌物一般不像淋菌性尿道炎那样分泌物量多且呈脓性。女性分泌物状况： 女性患者白带可能会增多，白带的性状可能会发生改变，比如变得比较黏稠或者有异味等情况。但相比男性，女性的尿道分泌物通常没有男性那么明显，很多时候容易被忽视。
伴随的其他症状
男性可能出现的其他伴随症状： 部分男性患者除了尿道症状外，还可能伴有会阴部胀痛等不适，在长时间久坐或者憋尿后症状可能会加重。如果病情没有及时控制，少数患者可能会影响到生殖系统，导致附睾炎等情况，但相对较少见。女性可能出现的其他伴随症状： 女性患者有的会出现阴道及外阴瘙痒，这是因为尿道的炎症可能会波及到外阴和阴道部位。另外，少数女性患者可能会有下腹部隐痛等症状，但一般症状相对较轻，容易被误认为是其他妇科疾病引起的。