非淋菌性尿道炎主要症状包括尿道不适等情况。一般来说，男性患者常见尿道刺痒、灼痛，还可能伴有尿频、尿急，有时尿道口会有少量稀薄的浆液性分泌物，晨起时可能会发现尿道口有痂膜封住或内裤被污染。女性患者症状相对男性可能不那么典型，多数人有尿道不适、瘙痒等，部分人会出现白带增多，检查时可见宫颈水肿、糜烂等。
男性患者的典型症状表现
尿道刺痒与灼痛： 男性非淋菌性尿道炎患者常常会感觉尿道有刺痒感，这种刺痒感可能较为明显，同时还可能伴有灼痛，在排尿时这种灼痛可能会更加明显。比如有些患者会描述排尿时尿道像被轻微灼烧一样的疼痛。尿频尿急： 会出现尿频、尿急的症状，即排尿次数比平时增多，而且有尿意后很快就要去排尿。例如正常情况下一天排尿5 - 6次，患病后可能增加到7 - 8次甚至更多，尿急时很难忍耐。尿道口分泌物： 部分患者尿道口会有少量稀薄的浆液性分泌物，尤其是晨起时，可能会发现尿道口有痂膜封住，或者内裤上有污染的痕迹。分泌物一般比较稀薄，量不多。
女性患者的典型症状表现
尿道不适与瘙痒： 女性患者多数有尿道不适的感觉，同时伴有瘙痒，这种瘙痒程度因人而异，有的较轻，有的可能比较明显。比如有的女性会感觉尿道内隐隐发痒。白带异常： 部分女性患者会出现白带增多的情况，白带的颜色、质地可能与平时有所不同，可能变得较为混浊或者量较平时明显增多。宫颈异常表现： 进行妇科检查时可见宫颈水肿、糜烂等情况，这是女性非淋菌性尿道炎比较典型的妇科体征表现。
其他可能出现的伴随症状
全身症状： 少数患者可能会出现全身症状，如低热、乏力等，但一般全身症状相对较轻。比如体温可能轻度升高，在37.5℃左右，同时感觉没有力气，容易疲劳。合并其他感染时的表现： 如果非淋菌性尿道炎合并其他泌尿系统感染等情况，可能会出现更复杂的症状，例如合并膀胱炎时可能会有下腹部疼痛等症状。但一般来说非淋菌性尿道炎主要还是以尿道相关的局部症状为主。