灰指甲治疗常用的药物主要有外用和口服两类。一般来说，外用药物如阿莫罗芬搽剂，通常需要连续使用数月，每周使用1-2次；口服药物如伊曲康唑胶囊，采用冲击疗法，一个疗程可能需要数周时间。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂： 它是局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1-2次，一般需要连续使用3-6个月才能看到较好效果。不过，对阿莫罗芬过敏的人不能使用。环吡酮胺乳膏： 同样属于外用抗真菌药，能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞代谢。使用时涂抹在病甲处，每天1-2次，使用过程中要注意避免接触眼睛和其他黏膜部位。
口服抗真菌药
伊曲康唑胶囊： 为脂溶性药物，采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。它能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，干扰真菌麦角固醇的合成。不过，有严重肝脏疾病的患者禁用，使用前需要检查肝功能，用药过程中也要定期监测。特比萘芬片： 是一种丙烯胺类抗真菌药物，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成。一般成人每次0.25克，每天1次，疗程需要根据病甲生长情况而定，通常手指甲癣需要服用6-8周，脚趾甲癣需要服用12-16周。但有严重肾功能不全的患者要慎用。
其他治疗方式辅助
手术拔甲： 过去有采用手术拔甲的方法，但现在较少使用。这种方法是将病甲拔除，不过手术创伤较大，术后恢复时间较长，而且容易复发，现在更多是作为辅助治疗手段，配合药物使用。一般适用于单发的灰指甲，术后要注意预防感染。激光治疗： 近年来也有应用，通过特定波长的激光照射病甲，破坏真菌的生存环境。激光治疗相对创伤较小，但可能需要多次治疗，而且费用相对较高，目前还不是主流的治疗方法，一般作为辅助治疗手段与药物治疗配合使用。