治疗灰指甲最好的药要根据具体情况进行选择，以下是一些常用的药物：
1.外用药物：
阿莫罗芬搽剂：这是一种广谱抗真菌药物，能有效抑制灰指甲的病原菌。使用时，先将指甲锉光，然后涂抹阿莫罗芬搽剂，坚持使用数月。
环吡酮胺乳膏：对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用，与阿莫罗芬搽剂类似，也需要坚持使用一段时间。
2.口服药物：
伊曲康唑胶囊：具有广谱抗真菌作用，适用于灰指甲较为严重或外用药物无效的情况。服用方法较为复杂，需按照医生的建议进行。
特比萘芬片：也是一种常用的口服抗真菌药物，对灰指甲有较好的疗效。
需要注意的是，灰指甲的治疗需要耐心和坚持，因为指甲的生长周期较长，一般需要数月甚至更长时间才能完全治愈。此外，在使用药物治疗的同时，还应注意以下几点：
1.保持足部清洁干燥：勤洗脚，勤换袜子，避免足部长期处于潮湿环境。
2.避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品：以防交叉感染。
3.修剪指甲时不要剪得太短：以免损伤甲沟皮肤，导致感染。
4.注意个人卫生：勤换衣服、床单等，保持皮肤清洁。
如果灰指甲症状严重或治疗效果不佳，应及时就医，以便调整治疗方案。同时，在使用药物治疗期间，应注意观察药物的副作用，如出现过敏、胃肠道不适等症状，应及时停药并就医。