月经干净后同房出血小肚子疼可能由多种原因引起，比如宫颈病变、盆腔炎等。一般来说，这种情况需要及时重视并进一步检查。
可能的原因分析
宫颈病变方面
宫颈炎： 宫颈受到炎症刺激，同房时容易导致出血，同时可能伴有小肚子疼痛。比如慢性宫颈炎较为常见，长期的炎症存在会使宫颈组织变得脆弱。宫颈息肉： 宫颈上的息肉组织比较脆弱，同房接触后容易出血，还可能伴随小肚子隐隐作痛的情况。宫颈息肉是由于宫颈管黏膜过度增生形成的赘生物。
盆腔炎方面
急性盆腔炎： 女性盆腔内器官发生炎症，同房后可能会加重炎症刺激，出现出血并伴有明显的小肚子疼，还可能伴有发热等症状。急性盆腔炎多是由于细菌等病原体感染引起，发病较急。慢性盆腔炎： 长期存在的盆腔炎也会在同房后出现出血小肚子疼的情况，疼痛一般为隐痛、坠胀感，可能会反复发作，影响日常生活。
其他原因
子宫内膜异位症： 子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，同房时受到刺激可能引起出血，同时小肚子会有疼痛，这种疼痛可能在月经前后或同房后加重。排卵期出血相关影响： 虽然月经刚干净，但有时候可能接近排卵期，少量排卵期出血混合在白带中，同房时接触到也可能被误以为是月经干净后出血，同时如果合并盆腔的一些轻微不适，也可能感觉小肚子疼，但这种情况相对较少见。如果出现月经干净后同房出血小肚子疼的情况，建议及时到医院就诊，进行妇科检查、宫颈TCT和HPV检查、B超等相关检查，以明确具体原因，然后采取相应的治疗措施。比如如果是宫颈炎需要根据病情进行抗炎治疗；如果是宫颈息肉可能需要手术切除；如果是盆腔炎则需要根据急性或慢性采取相应的抗炎等治疗措施。