孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性孕酮低常见于内分泌失调，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能紊乱，大约有30%左右的孕酮低与这种内分泌调节异常有关。
内分泌系统相关原因
卵巢功能异常：卵巢是分泌孕酮的主要器官，如果卵巢本身出现问题，像卵巢早衰，会导致卵巢分泌孕酮的能力下降。据统计，卵巢早衰患者中约有40%存在孕酮低的情况。另外，多囊卵巢综合征患者，其内分泌紊乱，也常常伴随孕酮水平偏低。垂体功能障碍：垂体能够分泌促性腺激素等调节卵巢功能的激素，如果垂体出现病变，比如垂体肿瘤，会影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢分泌孕酮，大约有15% - 20%的孕酮低与垂体功能障碍有关。
胚胎发育相关原因
胚胎着床异常：在怀孕早期，如果胚胎着床不稳定，也可能导致孕酮低。例如，有研究发现，约20% - 30%的先兆流产孕妇存在孕酮低的情况，而这种情况往往与胚胎发育过程中激素调节异常有关。胚胎质量问题：如果胚胎本身质量不佳，也会影响孕酮的分泌。一些染色体异常的胚胎，在发育过程中会导致母体孕酮水平偏低，这类情况大约占早期妊娠孕酮低原因的10%左右。
其他因素影响
不良生活习惯：长期熬夜、过度劳累等不良生活习惯也可能影响孕酮水平。有调查显示，长期熬夜的女性中，约有25%的人孕酮水平低于正常范围。另外，过度节食导致身体营养不良，也会影响激素的合成，进而引起孕酮低，大约有10% - 15%的孕酮低与营养不良有关。疾病影响：一些全身性疾病也会导致孕酮低，比如甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌异常会影响内分泌系统的平衡，从而影响孕酮的分泌，约有5% - 8%的甲状腺功能减退患者存在孕酮低的情况。还有糖尿病患者，血糖控制不佳时也可能出现孕酮水平偏低的现象。