胶囊胃镜相对安全，但也可能存在一些潜在危害。一般来说，胶囊胃镜的严重危害发生率较低，大约在万分之一左右，但仍有一些需要注意的情况。
一、可能的机械性损伤风险
咽部不适： 极少数人在吞咽胶囊胃镜时，可能会感觉咽部有轻微的异物感，但这种情况很罕见，一般很快就会缓解。胃肠道梗阻风险： 对于本身存在胃肠道狭窄、梗阻等病变的患者，胶囊胃镜可能无法顺利通过，从而导致梗阻加重，但这类人群本身就是胶囊胃镜的相对禁忌证，在检查前会经过严格评估。
二、影像相关的局限性危害
图像不清风险： 胶囊胃镜依靠患者胃肠道的蠕动来移动并拍摄图像，可能会因为胃肠道蠕动过慢或过快等原因，导致某些部位的图像拍摄不清，影响医生对病情的准确判断。比如胃肠道蠕动过快时，可能会遗漏一些微小病变的观察。无法进行治疗操作： 它只能进行检查，不能像传统胃镜那样在发现病变时进行活检、止血、息肉切除等治疗操作，如果需要进一步治疗，还需要再进行其他有创操作。
三、个体差异带来的特殊危害
过敏反应： 虽然胶囊胃镜的材质引起过敏的情况非常少见，但理论上存在对胶囊胃镜相关材料过敏的可能，不过这种概率极低。心理负担： 部分患者在检查前可能会因为对胶囊胃镜不了解而产生紧张、焦虑等心理负担，不过这不属于胶囊胃镜本身的生理性危害，而是心理层面的影响，但也需要关注。