手足口病目前并没有特效的抗病毒药物，主要是进行对症支持治疗。一般来说，可使用一些药物来缓解症状，比如如果发热超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚等退热药物，但具体使用需遵循医生指导。
退热药物的应用
对乙酰氨基酚： 适用于年龄较大、体温超过38.5℃且精神状态尚可的患儿。它能通过抑制前列腺素的合成发挥解热镇痛作用。但要注意，不能超剂量使用，且3个月以下婴儿使用需谨慎，应在医生指导下应用。布洛芬： 也是常用的退热药物，一般6个月以上的患儿可以使用。它同样是通过抑制环氧化酶活性，减少前列腺素合成，从而达到退热效果。不过，有消化道溃疡等病史的患儿要慎用。
缓解口腔疱疹疼痛的药物
康复新液： 可以含漱，能够促进口腔黏膜修复，减轻疱疹引起的疼痛。使用时让患儿含漱一段时间后吐出，每天可使用多次。维生素B2： 有助于维持黏膜的正常功能，对手足口病患儿口腔黏膜的恢复有一定帮助。可以通过口服补充，但要注意按照合适的剂量服用，避免过量。
其他对症药物
炉甘石洗剂： 如果患儿手足部位的皮疹出现瘙痒症状，可以外用炉甘石洗剂。它能起到收敛、止痒的作用，但要注意避免涂抹在破溃的皮疹处。清热解毒的中成药： 像小儿豉翘清热颗粒等，有一定的清热解毒作用，可能有助于缓解手足口病患儿的一些全身症状，不过使用时要根据患儿的年龄和病情，在医生的指导下合理应用。但需要注意，这类中成药不能替代主要的对症支持治疗，只是辅助缓解症状。