手足口病目前没有特效的抗病毒药物，主要是对症治疗。一般来说，可使用干扰素α喷雾或雾化、利巴韦林静脉滴注等，但具体效果因个体差异而异。
对症治疗药物选择
发热时的用药：如果患儿体温超过38.5℃，可选用对乙酰氨基酚来退热，它能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，一般按照体重计算剂量使用。对于体温在38.5℃以下的患儿，可采用物理降温，如用温水擦拭额头、颈部、腋窝等部位。口腔疱疹的用药：可以使用康复新液涂抹在口腔疱疹处，能促进黏膜修复。也可使用维生素B2片研成粉末后涂于疱疹处，有助于减轻疼痛和促进愈合，但要注意避免患儿将药物咽下。
支持治疗相关
补液方面：如果患儿因口腔疼痛影响进食，导致脱水风险增加，可适当口服补液盐Ⅲ来补充水分和电解质。一般轻度脱水的患儿，每千克体重需要补充50-100毫升的补液盐溶液，分多次服用。对于脱水较明显的患儿，则需要静脉补液来纠正水电解质紊乱。休息与护理：患病期间患儿需要多休息，保持室内空气流通，居住环境要定期消毒，玩具、餐具等也要进行消毒处理。要让患儿穿着宽松、柔软的衣物，减少对疱疹部位的摩擦。
特殊情况注意
重症患儿的处理：少数手足口病患儿可能发展为重症，如出现持续高热、精神差、呕吐、肢体抖动等症状时，需要及时送往医院进行救治，可能需要使用甘露醇降低颅内压等治疗措施，但具体用药需由医生根据患儿病情紧急制定，家长切勿自行用药。避免滥用药物：不要随意给患儿使用抗生素，因为手足口病是由病毒感染引起的，抗生素对病毒无效，滥用抗生素可能导致菌群失调等不良反应。同时，也不要自行给患儿使用一些成分不明的中成药，以免影响病情判断和导致不良反应。