大肠肠息肉的引起原因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，遗传因素是其中一个重要方面，据统计，约20%的大肠息肉具有遗传倾向，比如家族性腺瘤性息肉病就与特定基因的突变有关，这是一种常染色体显性遗传性疾病。
遗传因素相关
家族性腺瘤性息肉病： 这是一种由APC基因突变引起的遗传性疾病，患者肠道内会大量出现腺瘤性息肉，数量可能多达数百个甚至数千个，且发病年龄通常较早，若不及时干预，很容易恶变为肠癌。遗传性非息肉病性结直肠癌： 由错配修复基因缺陷导致，患者发生大肠息肉及肠癌的风险显著升高，比普通人患大肠息肉的几率高很多倍。
生活饮食习惯方面
高脂低纤维饮食： 长期摄入高脂肪、低纤维的食物，会使肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间延长，肠道黏膜与致癌物质接触的机会增多，从而增加大肠息肉的发生风险。例如，长期喜欢吃油炸食品、红肉，而蔬菜、粗粮摄入过少的人群，大肠息肉患病率相对较高。长期饮酒： 酒精会刺激肠道黏膜，损伤肠道上皮细胞，影响肠道正常的代谢和修复功能，进而促使大肠息肉形成。有研究表明，长期大量饮酒者患大肠息肉的概率比不饮酒者高出约30%。
肠道慢性炎症刺激
溃疡性结肠炎： 这是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，肠道黏膜长期处于炎症状态，会反复损伤和修复，在此过程中容易引发息肉样病变。患者往往会有长期的腹泻、腹痛、黏液脓血便等症状，若病情控制不佳，大肠息肉的发生率明显增高。克罗恩病： 也是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，肠道炎症反复发作，会导致肠道黏膜增生，形成息肉。患者除了肠道症状外，还可能出现发热、体重下降等全身表现，大肠息肉的发生与病情的活动程度密切相关。