大便时肛门内部痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。
2.内痔或混合痔：内痔或混合痔可出现肛门疼痛，通常为内痔或混合痔脱出嵌顿或绞窄引起。
3.肛管或直肠炎：肛管或直肠炎症性病变也可能导致肛门疼痛，还可能伴有肛门下坠感、黏液脓血便等症状。
4.肛门周围脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，常见症状为肛周持续性跳动性疼痛。
5.肛窦炎：肛窦炎是引起肛门部下坠疼痛的常见原因之一，常伴有肛门部潮湿、瘙痒等症状。
6.其他：肛门直肠外伤、肛管或直肠肿瘤等也可能导致大便时肛门内部痛。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况可能因个体差异而有所不同。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、便血、肛门肿块等，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据病因进行相应的治疗。同时，保持良好的饮食习惯和排便习惯，避免久坐、久站，保持肛门清洁，有助于预防肛门疾病的发生。