内分泌失调的药物治疗需根据具体失调类型来定。比如甲状腺功能亢进常用抗甲状腺药物如甲巯咪唑，一般需要长期规范用药，疗程通常1.5~2年左右。
甲状腺功能亢进相关药物
甲巯咪唑： 它能抑制甲状腺过氧化物酶，从而抑制甲状腺激素合成。适用于病情较轻，甲状腺轻至中度肿大的患者。丙硫氧嘧啶： 也可抑制甲状腺激素合成，还能在外周组织中抑制T4转变为T3，对妊娠甲亢患者在妊娠早期及病情较重时可作为首选。
糖尿病相关药物
二甲双胍： 是2型糖尿病患者的一线用药，可增加外周组织对葡萄糖的摄取和利用，还能改善胰岛素敏感性。一般适用于无明显消瘦的2型糖尿病患者。胰岛素： 1型糖尿病患者必须使用胰岛素治疗；2型糖尿病患者在口服降糖药效果不佳、出现急性并发症（如酮症酸中毒）、严重慢性并发症等情况时也需要使用胰岛素。
性激素失调相关药物
雌激素类药物： 对于雌激素缺乏引起的更年期综合征等情况，可补充雌激素，如结合雌激素片，但使用时需评估患者的心血管等风险。雄激素类药物： 对于雄激素缺乏的情况可补充雄激素，如十一酸睾酮软胶囊，但要注意可能引起的肝脏损害等问题，且需在医生严格评估下使用。
肾上腺皮质功能失调相关药物
糖皮质激素： 如泼尼松，对于肾上腺皮质功能减退等情况需要补充糖皮质激素，但长期使用会有较多副作用，如满月脸、骨质疏松等，使用时需密切监测。盐皮质激素： 如氟氢可的松，主要用于肾上腺皮质功能减退症患者补充盐皮质激素，维持水盐代谢平衡。