手指甲分层可能由多种原因引起，其中常见的原因之一是甲真菌病，约有30%的甲病是由真菌感染导致的。
一、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素A、B族维生素、维生素C等时，可能影响指甲的正常生长，导致手指甲分层。例如，长期缺乏维生素A的人群，指甲可能变得干燥、易分层。一般来说，成年人每天维生素A的推荐摄入量男性约为800微克视黄醇当量，女性约为700微克视黄醇当量；B族维生素中的生物素对指甲健康很重要，缺乏生物素可能引起指甲异常，正常成年人每天生物素的适宜摄入量约为30微克。微量元素缺乏： 缺乏铁、锌等微量元素也可能导致手指甲分层。铁是构成血红蛋白的重要成分，缺铁会影响指甲的营养供应；锌参与人体多种酶的合成，对指甲的生长和健康有影响。正常成年人每天铁的适宜摄入量男性约为15毫克，女性约为20毫克；锌的适宜摄入量成年男性约为12.5毫克/天，成年女性约为7.5毫克/天。
二、外部刺激因素
频繁接触刺激性物质： 长期接触洗涤剂、消毒剂、化学溶剂等刺激性物质，会损伤指甲的角质层，导致手指甲分层。比如，经常做家务频繁接触洗洁精等洗涤剂的人群，指甲更容易出现问题。这些刺激性物质会破坏指甲表面的保护膜，使指甲的结构变得脆弱，从而出现分层现象。外伤： 手指受到外伤，如被重物砸到、频繁美甲导致指甲受损等，也可能引起手指甲分层。例如，频繁做美甲时使用的打磨、抛光等操作会损伤指甲，使指甲的完整性遭到破坏，进而出现分层情况。轻微的外伤可能当时不明显，但长期积累会导致指甲结构异常。
三、疾病因素
甲扁平苔藓： 这是一种慢性炎症性皮肤病，累及指甲时可导致指甲分层、变薄、出现纵嵴等改变。甲扁平苔藓的发病机制与自身免疫有关，具体的发病过程较为复杂，目前认为是机体的免疫系统错误地攻击了指甲的相关组织，从而影响了指甲的正常生长和结构。银屑病： 银屑病患者约有5%会出现甲损害，其中指甲分层是常见表现之一。银屑病是一种遗传与环境共同作用诱发的免疫介导的慢性、复发性、炎症性、系统性疾病，当累及指甲时，会影响指甲的角质形成细胞的正常代谢，导致指甲出现分层等异常改变。