腭裂的确切病因尚不清楚，主要与遗传因素和环境因素相关。
一、遗传因素：
诸多研究显示腭裂可能属于多基因遗传病，其在家族中具有较为显著的遗传性，这充分表明腭裂的出现与遗传因素存在紧密联系。
二、环境因素：
环境因素主要指的是胎儿在母体胚胎时期遭受到一些有害环境因素的作用。比如孕妇存在营养缺乏的情况，服用了某些特定药物，感染了相关病毒，孕妇内分泌发生紊乱，遭受物理辐射以及受到化学试剂的损伤等，这些都有可能致使胚胎发育畸形，进而引发腭裂。腭裂作为口腔面颊部最为常见的先天性畸形之一，通常胎儿在孕早期阶段，如果硬腭、软腭没能正常地进行发育与融合，就会导致出生时形成长长的裂隙而出现腭裂。所以孕妇在孕前应当做好全面的检查，在孕期也要极力避免相关危险因素，如辐射、病毒感染、营养缺乏等带来的损害，以此来预防腭裂的产生。
总之，腭裂的发生与遗传因素和环境因素关系密切，孕妇应做好各方面的预防措施。