怀孕三个月时可选择以下流产方式：
一、药物流产加清宫手术：可遵医嘱服用米非司酮或米索前列醇等药物，先将胚胎杀死，然后促进子宫收缩，使胚胎和胎盘逐渐排出，同时需及时进行清宫手术，把残留物质清理干净，以此达到流产目的。
1.米非司酮：可起到抗早孕的作用。
2.米索前列醇：能兴奋子宫肌，引起子宫收缩。
二、引产：此时胎儿已逐渐发育长大且有明显骨骼，可采取引产方式流产，较为彻底。引产方法主要包括：
1.药物引产，如利凡诺引产：通过向宫腔内注入药物引发宫缩来达到引产目的。
2.钳刮术：用钳夹和刮匙把胎儿及胎盘等组织取出。
流产后注意事项：
1.在1个月内要多休息，可适当活动，但不能剧烈运动，也不可有性生活，不能劳累、熬夜等。
2.饮食要清淡，避免食用辛辣刺激食物，以防影响病情恢复。
总之，怀孕三个月流产有多种方式可选择，术后要做好护理和保养。