怀孕三个月的流产方式主要有以下几种：
一、药物流产加清宫手术：可遵医嘱服用米非司酮或米索前列醇等药物，米非司酮能将胚胎杀死，米索前列醇可促进子宫收缩，使胚胎和胎盘慢慢排出，之后需及时进行清宫手术，将残留物质清除体外，从而达到流产目的。
二、引产：由于怀孕三个月时胎儿已逐渐发育长大且有明显骨骼，可采取引产方式流产，较为彻底。引产方法主要包括：
1.药物引产，如利凡诺引产；
2.钳刮术。
此外，流产后需注意以下方面：一个月内要多休息，可适当活动，但不能剧烈运动，禁止性生活，避免劳累、熬夜等。饮食要清淡，避免进食辛辣刺激食物，以防影响病情恢复。
总之，怀孕三个月流产可根据具体情况选择合适方式，流产后要做好各方面护理，促进身体恢复。