长期长口腔溃疡的原因有多种。一般来说，免疫系统紊乱是常见因素之一，比如约40%的复发性口腔溃疡患者存在细胞免疫功能异常的情况。
一、局部因素
创伤性因素： 口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，会持续摩擦口腔黏膜，从而引发口腔溃疡。比如长期存在的锐利牙尖，可能几个月甚至更长时间都会刺激口腔黏膜，导致口腔溃疡反复出现。口腔卫生不良： 口腔内细菌滋生，如果不注意口腔清洁，食物残渣堆积，容易引发炎症，进而导致口腔溃疡。例如，每天刷牙少于2次的人群，长口腔溃疡的概率比每天至少刷牙2次的人群要高约30%。
二、全身因素
营养缺乏： 当身体缺乏维生素B2、维生素B12、叶酸等营养素时，容易长口腔溃疡。比如长期吃素的人，如果膳食搭配不合理，很可能在1-2个月内就出现维生素缺乏相关的口腔溃疡。内分泌变化： 女性在月经周期前后，体内激素水平波动较大，容易长口腔溃疡。一般在月经前1-2周，约有20%-30%的女性会出现口腔溃疡复发的情况。疾病影响： 一些疾病如白塞病，会导致反复口腔溃疡，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。白塞病患者口腔溃疡往往反复发作，每月都可能出现，且溃疡较深、愈合慢。
三、生活方式因素
精神压力过大： 长期处于高压力状态下，会影响免疫系统功能，增加长口腔溃疡的风险。例如，考试季的学生，约有50%以上会因为精神压力大而出现口腔溃疡，而且溃疡可能持续1-2周不愈合。睡眠不足： 长期睡眠不足会使身体免疫力下降，容易长口腔溃疡。成年人每天睡眠少于6小时，比睡眠7-8小时的人群长口腔溃疡的几率高约40%，并且溃疡愈合时间可能延长1-2天。