少女停经的原因有多种，其中内分泌失调较为常见，比如多囊卵巢综合征，约占育龄女性闭经原因的1/4。
内分泌失调因素
多囊卵巢综合征： 这是一种常见的内分泌疾病，患者体内激素失衡，雄激素水平升高，会出现月经稀发甚至停经的情况，同时可能伴有多毛、肥胖等表现。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的激素对月经周期有调节作用。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致月经紊乱，出现停经现象；而甲状腺功能亢进时，也可能出现月经失调，包括停经。
心理因素影响
长期精神压力大： 少女如果长期处于高压状态，如学习压力过重、家庭关系不和谐等，会影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而影响垂体分泌促性腺激素，导致卵巢功能异常，引起停经。例如，一些面临重要考试的少女，由于精神高度紧张，可能出现月经推迟甚至停经的情况。突然受到重大精神刺激： 如遭遇亲人离世、严重的意外事件等，会使少女的情绪急剧波动，影响内分泌系统，导致停经。
生活方式原因
过度节食减肥： 少女为了追求苗条身材过度节食，会使身体摄入的营养物质不足，尤其是蛋白质、脂肪等，影响雌激素的合成。当体内雌激素水平过低时，子宫内膜无法正常生长和脱落，就会出现停经。一般体重过低（体重指数低于正常范围）的少女更容易出现这种情况。作息不规律： 长期熬夜、睡眠不足会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常功能，进而影响月经周期，导致停经。比如经常熬夜到凌晨，睡眠时间不足7小时的少女，月经紊乱的概率会增加。