女孩停经原因较多，其中常见的有生理性因素，比如青春期前女孩还未建立规律月经周期，初潮后2~3年内可能出现月经不规律甚至停经，这是因为下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能尚未完全成熟，一般不需要特殊处理，随着年龄增长多可自行调整。
内分泌失调因素
疾病导致：多囊卵巢综合征是常见原因之一，约占育龄女性月经紊乱的30%~60%。患者体内雄激素水平升高，会出现月经稀发、闭经，还可能伴有多毛、痤疮、肥胖等表现。甲状腺功能异常也会影响月经，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会导致机体代谢减慢，进而影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，引起停经，大约5%的甲状腺功能减退女性会出现月经紊乱。药物影响：长期服用某些药物也可能导致停经，比如长期服用复方短效避孕药，部分女性可能会出现短暂的停经，一般停药后可恢复；抗精神病药物如氯丙嗪等，也可能影响内分泌，导致月经失调甚至停经。
生活方式因素
过度节食：有些女孩为了减肥过度节食，当机体摄入热量不足时，会影响雌激素的合成，导致月经紊乱甚至停经。一般体重下降10%~15%就可能出现月经问题，严重时会停经。长期熬夜：长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常功能，尤其是影响下丘脑分泌促性腺激素释放激素，进而影响垂体分泌促性腺激素，导致卵巢排卵异常，出现停经。研究表明，长期熬夜的女性月经不调发生率比作息规律的女性高约40%。精神压力过大：长期处于高压力状态下，女孩的下丘脑会分泌促肾上腺皮质激素释放激素增加，进而抑制促性腺激素释放激素的分泌，影响卵巢功能，导致停经。比如备考期间的女孩，由于精神高度紧张，容易出现月经紊乱甚至停经情况。
其他因素
宫腔粘连：如果女孩有过宫腔操作史，如人工流产等，可能会引起宫腔粘连，导致经血排出不畅甚至停经。一般人工流产后发生宫腔粘连的概率约为1%~5%，尤其是多次人工流产的女性风险更高。慢性疾病：一些慢性疾病也可能导致女孩停经，如重度贫血，当血红蛋白低于60g/L时，会影响机体的代谢和内分泌功能，导致月经异常甚至停经；慢性肝炎患者由于肝功能受损，会影响雌激素的代谢，也可能出现月经紊乱、停经等情况。