肛周湿疹的治疗药物有多种，常用的有抗组胺药物，如氯雷他定，它可以缓解肛周湿疹引起的瘙痒症状，一般成人常用剂量是每天1次，每次10毫克。
外用药物种类
糖皮质激素软膏： 如氢化可的松软膏，对于轻度至中度的肛周湿疹有较好的抗炎、止痒作用。但连续使用不宜超过2 - 3周，以免引起皮肤萎缩等不良反应。还有地塞米松软膏，能减轻炎症反应，缓解瘙痒，但同样要注意使用时长和剂量。钙调磷酸酶抑制剂： 像他克莫司软膏，适用于面部、会阴部等皮肤薄嫩部位的肛周湿疹，它可以抑制T淋巴细胞的活化，起到抗炎作用，且长期使用不良反应相对较少。吡美莫司乳膏也是如此，能改善肛周湿疹的症状，不过开始使用时可能会有短暂的灼热感。
口服药物情况
抗组胺药： 除了氯雷他定，还有西替利嗪，成人一般每天1次，每次10毫克，可有效缓解肛周湿疹导致的瘙痒，改善患者的生活质量。阿伐斯汀也是常用的抗组胺药，起效较快，能快速减轻瘙痒症状，口服剂量一般为每次8毫克，每天2 - 3次。复方甘草酸苷： 具有抗炎、抗过敏的作用，可用于肛周湿疹的治疗，能调节机体免疫功能，减轻炎症反应，一般成人每次2 - 3片，每天3次，但有严重低钾血症、高醛固酮血症患者以及醛固酮增多症患者禁用。
其他辅助药物
抗生素： 当肛周湿疹伴有继发感染时，可能会用到抗生素。如红霉素软膏，可用于合并细菌感染的肛周湿疹，能抑制细菌生长，起到抗感染的作用。莫匹罗星软膏也是常用的抗生素外用药物，对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，适用于肛周湿疹继发细菌感染的情况。维生素类药物： 维生素B族有助于维持皮肤黏膜的健康，对肛周湿疹的恢复可能有一定辅助作用。比如复合维生素B片，含有多种B族维生素，可每日服用一定剂量，帮助改善皮肤的营养状况。