急性或初发的肛裂可通过坐浴与润便的方式来治疗；慢性肛裂则可采用坐浴、润便再加上扩肛的办法；而对于那些经久不愈、保守治疗无效且症状较为严重的情况，则可运用手术治疗。
一、非手术治疗
其原则在于解除括约肌痉挛、止痛、协助排便以及中断恶性循环，以促进局部愈合。具体措施如下：
1.排便后用1:5000高锰酸钾温水坐浴，以保持局部清洁干净。
2.口服缓泻剂或石蜡油，让大便变得松软且具有润滑性；同时增加饮水以及多纤维食物的摄入，从而纠正便秘，维持大便的通畅。
3.在肛周局部麻醉后，患者取侧卧位，先用示指扩肛，随后逐渐伸入两中指，并维持扩张5分钟。这样的扩张操作能够解除括约肌痉挛，扩大创面，有助于裂口愈合。不过此方法复发率较高，还可能并发诸如出血、肛周脓肿、大便失禁等问题。
二、手术疗法
(1)肛裂切除术：就是将全部增殖的裂缘、前哨痔、肥大的肛乳头、发炎的隐窝以及深部不健康的组织全部切除，直至暴露出肛管括约肌，还可同时切断部分外括约肌皮下部或内括约肌，将创面敞开以进行引流。其缺点是愈合相对较慢。
(2)肛管内括约肌切断术：手术的方式是在肛管一侧距离肛缘1-1.5cm处作一个小切口直至内括约肌下缘，确定括约肌间沟后分离内括约肌至齿状线，剪断内括约肌，接着扩张至4指，进行电灼或压迫止血后缝合切口，可一并切除肥大乳头、前哨痔，肛裂通常会在数周后自行愈合。该方法治愈率较高，但如果手术操作不当则可能导致肛门失禁。
总之，对于肛裂的治疗需根据具体情况选择合适的方法，非手术治疗有一定效果但可能复发，手术治疗则要注意可能存在的风险。