灰趾甲可以通过药物治疗、手术治疗等方法来改善，一般来说，外用药物治疗可能需要较长时间，比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，连续使用几个月；而口服抗真菌药物相对见效快一些，但要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
局部擦药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先将病甲尽量修薄，然后再涂抹药物，一般每周使用1 - 2次，需要连续使用数月才能看到较好效果。环吡酮胺乳膏：也可用于灰趾甲的治疗，它通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程来起到杀菌作用。同样需要坚持涂抹，每天涂抹1 - 2次，持续数周甚至数月。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种广谱抗真菌药，采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，达到抗真菌效果，但用药前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是常用的口服抗真菌药，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞壁的合成。一般每天服用一次，疗程相对伊曲康唑短一些，但同样需要关注肝脏功能等情况。
手术治疗
拔甲术：对于单个比较严重的灰趾甲可以考虑拔甲。不过拔甲后需要外用抗真菌药物配合治疗，而且拔甲过程中可能会有疼痛等不适，并且新长出来的指甲也有再次感染真菌的可能。一般拔甲后要保持局部清洁，避免沾水，防止感染。激光治疗：利用激光的能量破坏真菌细胞。激光治疗相对痛苦较小，但是可能需要多次治疗才能达到较好的效果，而且费用相对较高。目前有研究表明某些特定波长的激光对灰趾甲的真菌有一定的抑制作用。