尿尿的时候刺痛可能由多种原因引起。一般来说，泌尿系统感染是常见原因之一，比如膀胱炎，女性发病率相对较高，这与女性尿道短且靠近肛门，容易被细菌感染有关。
泌尿系统感染导致
膀胱炎：除了尿尿刺痛，还可能伴有尿频、尿急，严重时可能出现血尿。引起膀胱炎的常见细菌是大肠埃希菌等。一般需要进行尿液检查来明确诊断。尿道炎：分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。淋菌性尿道炎多由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播，会出现尿道脓性分泌物、尿尿刺痛等症状；非淋菌性尿道炎常见病原体是沙眼衣原体、支原体等，症状相对淋菌性尿道炎较轻，可能有尿道瘙痒、少量分泌物等。
泌尿系统结石引发
尿道结石：多来自于上尿路的结石下移至尿道。除了尿尿刺痛，还可能有排尿困难，结石较大时排尿困难明显。通过尿道触诊、X线等检查可帮助诊断。膀胱结石：主要症状为排尿中断伴尿尿刺痛，改变体位后可能继续排尿。
其他可能因素
化学物质刺激：长期使用某些刺激性的清洁剂清洗外阴，或者女性经期使用不透气的卫生用品，都可能刺激尿道，导致尿尿时刺痛。过敏反应：对避孕套、女性卫生用品等过敏，也可能出现尿尿刺痛的情况，同时可能伴有外阴瘙痒等表现。