疱疹性咽颊炎通常由肠道病毒引起，一般来说，对症用药可缓解症状，多数情况下1-2周能逐渐恢复。
抗病毒药物的选择
常用药物类型： 对于由肠道病毒引发的疱疹性咽颊炎，目前并没有特效的抗病毒药物能直接杀灭病毒。不过可以使用干扰素α等药物，它能起到一定的抗病毒作用，但具体使用需遵医嘱。
对症治疗药物
退热药物： 如果患者出现发热症状，当体温超过38.5℃时，可考虑使用对乙酰氨基酚来退热，它适用于儿童等人群，但要注意按照儿童的体重等情况合理使用。止痛药物： 若患儿口腔疱疹导致疼痛明显，影响进食等，可在医生指导下使用一些局部的止痛药物，比如含有利多卡因成分的喷雾等，但使用时要注意方法和剂量等。
一般治疗注意事项
休息与护理： 患病期间要让患儿多休息，保证充足的睡眠，这有助于身体恢复。同时要注意隔离，避免交叉感染。饮食调整： 给患儿提供清淡、易消化的食物，比如稀粥、面条等，避免食用辛辣、刺激性以及过烫的食物，以免加重口腔疼痛。还要让患儿多喝温水，保持口腔湿润。
特殊人群用药提醒
儿童用药： 儿童使用药物时要特别谨慎，比如退热药物对乙酰氨基酚，要严格按照儿童的年龄和体重来准确给药，不能自行随意增减剂量。而且儿童使用的药物剂型等也需要根据儿童的特点来选择，如口服液等适合儿童服用的剂型。孕妇及哺乳期女性： 孕妇和哺乳期女性若患上疱疹性咽颊炎，用药更要谨慎，需在医生的评估下选择合适的治疗方案，因为某些药物可能会对胎儿或婴儿产生影响，所以必须遵循医生的专业指导来进行处理。