胎记形成的原因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、胚胎发育过程中色素细胞或血管的异常分布等有关。比如，有些胎记可能是由于基因的突变或遗传缺陷导致的，约有10% - 15%的胎记患者有家族遗传倾向。
遗传因素相关
基因层面影响： 研究发现，某些特定基因的异常可能会增加胎记形成的风险。如果家族中有亲属患有胎记，那么个体患胎记的概率相对会比普通人群高一些。例如，常染色体显性遗传相关的基因变异，可能会使胚胎发育过程中皮肤组织的细胞分化出现异常，进而导致胎记的产生。家族聚集现象： 在一些家族中，可能会出现多个成员都患有胎记的情况。这就是遗传因素在其中发挥了作用，基因的传递使得家族成员具有相似的胎记易感性。
胚胎发育时期因素
色素细胞异常： 在胚胎发育的早期，神经嵴细胞会迁移到皮肤等部位，分化形成色素细胞。如果在这个迁移和分化的过程中出现异常，比如部分色素细胞聚集在皮肤的某一区域，就可能形成色素型胎记，像太田痣就是由于胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行期间停留在真皮深处而形成的。一般在胚胎发育到一定阶段（如妊娠的某个月）时，这种异常就已经基本确定了。血管发育异常： 对于血管型胎记，如鲜红斑痣，是由于胚胎发育过程中，面部血管网发育异常所导致的。在胚胎的血管形成阶段，局部血管的生长调控机制出现紊乱，使得毛细血管扩张、增生，从而形成了红色或紫红色的斑块状胎记。通常在胚胎发育的早期阶段，血管的发育过程受到干扰就会引发这类问题。
其他可能因素
环境因素： 虽然环境因素对胎记形成的影响相对遗传和胚胎发育因素来说不是主要的，但也有一些研究推测，孕妇在孕期接触某些特殊的化学物质、受到辐射等环境因素影响，可能会在一定程度上增加胎儿出现胎记的风险。不过目前这方面的证据还不是非常确凿，但也不能完全排除环境因素的潜在影响。激素水平： 孕期母体激素水平的变化也可能与胎记的形成有关。例如，某些激素的波动可能会影响胚胎皮肤组织的细胞代谢和分化，进而对胎记的形成产生作用。不过关于具体是哪些激素以及如何具体影响还需要进一步深入研究来明确。